學院以培養具有國際化視野的高素質創新型軟件人才為根本目標。根據復旦大學“寬口徑、厚基 礎、重能力、求創新”的人才培養理念，以及軟件工程對管理、數學、人文、計算機的綜合素質要求， 參照國際知名高校的教學培養方案，結合行業技術發展趨勢，精心設計教學計劃，改革教學方法，拓展 學生的國際視野，強化學生對前沿問題的敏感性，建立了完備的本科生和研究生培養體系。
學院的軟件工程本科專業下設系統軟件、企業信息化和數字媒體3個方向，都是教育部特色專業方 向，并設有教育部人才培養模式創新實驗區——國際化創新型軟件人才培養模式實驗區。在人才培養中 注重學生創新精神與創新能力的培養，積極吸收國際先進的教學理念和教學方法，重點培養學生的分析 問題、解決問題的能力，強調對學生專業基礎的夯實和創新意識的培養。
學院在課程體系和教學內容構建中，從系統觀的角度梳理出各個課程的知識圖譜，使得學生的思維 能夠跨越各個課程，從而具備了綜合運用跨課程、跨領域的知識點進行創新性思考和分析問題、解決問 題的能力。在專業課程教學中，學院大量采用了原版教材，使得教學內容和方式與國際接軌。與此同 時，學院非常注重課程教學與實踐教學的有機結合，積極改革課程評價體系。目前學院已有80%以上的 課程安排了課程實驗和實踐項目，積極構建基礎理論、實驗教學、工程實踐三位一體的教學內容體系， 不斷將實踐教學環節和工程教育理念注入課程教學中。此外，學院改變期末一張試卷定成績的考評機 制，改為由實驗、實踐項目、隨堂測驗、論文、面試、考試等多種形式相結合的評價機制。在低年級強 化基本理論和基礎技能，在高年級通過綜合設計性實驗、課程設計等環節，培養分析、設計、實現的綜 合能力。
學院現有1門教育部雙語建設示范課程、1門教育部-Intel精品課程、3門教育部-IBM精品課程、1門 上海市精品課程和6門上海市重點建設課程。學院還被上海商務委員會授予“上海市服務貿易(信息技術) 人才培訓基地”稱號。
學院為學生提供了多種國際交流機會。每年招收國際留學 生(本科和碩士研究生)，部分課程聘請外教，為學生提供了課 堂和日常社會中的不同文化的交流。除了鼓勵學生參加學校與 國外著名院校的交流活動外，學院還與新加坡管理大學建立了 每年互派學生進行交流學習機制，與愛爾蘭都柏林大學建立了 聯合培養碩士研究生的機制。
學院鼓勵本科生參加學術研究，優秀學生從大二年 級開始進入各實驗室參加老師的科研項目。同時設有科 創行動和創業實踐計劃，鼓勵學生在教師指導下進行自 主創新探索研究。與愛爾蘭都柏林大學聯合舉辦的面向 全校三葉草軟件競賽項目，更是對學生跨專業、跨年級 的團隊合作精神與能力的培養。自成立至今學院學生獲 得多項創新獎勵，包括“挑戰杯”全國大學生課外學術 科技作品競賽一、二等獎。
培育一代目光遠大、敬業樂群、求真創新的具有社會責任感的大學生，是大學的價值使命。學院在人才培養 中注重引導學生樹立正確的價值觀，鼓勵學生積極參與社會實踐，多次組織和參與貧困地區助學支教、科技下鄉 活動，還曾多次參與軟件外包峰會、特奧會、世博會等公益志愿者活動。我院輔導員和學生為主體創建的晨曦網 絡工作室，入選教育部首批 “大學生網絡文化工作室”。
為進一步推進人才培養模式改革，學院于2014年開展了卓越工程能力培養，按照CMU、MIT的課程學習和實 踐要求，通過聘請外教和與企業共建課程，加強現有專業課程的理論和軟件實踐環節，同時增設工程能力培養課 程，開展校外、國外實習，提升學生的工程實踐能力和國際視野及跨文化背景的交流能力，培養富有創新能力和 國際競爭力的高層次創新型工程人才。
軟件學院的畢業生以其扎實的理論基礎和熟練的外語交流能力，在學術研究上占有獨特的優勢，本碩博都在 學院就讀的全國百篇優博獲得者陳海波同學就是一個典型的代表;而通過以新興的軟件工程課程作為專業核心， 以行業實際應用為導向的系列課程熏陶，進入企業的學生也很快成為相關企業的骨干和新興力量，并造就了一批 創業成功人士。

復旦大學軟件學院依托復旦大學深厚的學術底蘊和充沛的辦學資源，以建設一流學科為目標，大力開展高水平科學研究，堅持走產學研相結合道路，以科研進展帶動教學，把握行業和學科發展的最新動向，并把創新科研成果充實到教學實踐，建立起創新型教師隊伍，培養了一支具有創新意識和實際研發能力的學生隊伍。學院以互聯網和物聯網時代的需要為特征，推進學科建設。近年來取得許多進展：多人多次在頂尖國際學術會議上發表論文；人均科研經費持續多年保持在50萬元以上；作為首席科學家主持的國家973青年科學家專項喜獲科技部立項；培養的博士生獲得全國百篇優博，參與軍方組建密碼協同創新中心建設；先后有青年教師獲得“上海IT青年十大新銳”和“上海市浦江學者”等稱號。學院在學科建設和布局上，突出強調以互聯網和物聯網時代的需要為特征，著力構建從底層軟件到應用層乃至商務應用模式的完整的縱向研究體系，并以人才培養、學術研究、產業推進為一體的方式展開。學院設有并行處理研究所、軟件工程實驗室、電子商務研究中心、交互式圖形學實驗室、密碼與信息安全研究室、數據分析與安全實驗室、公共績效與信息化研究中心和系統軟件與安全實驗室等研究機構。近年來承擔了國家973，863，核高基科技重大專項、國家自然科學基金和省部級科研項目三十多項。在計算學科領域的系列頂級國際會議上發表了多篇有影響力的學術論文，承辦了在相關領域中有較大影響的國際會。各實驗室通過具有創新技術的研發，獲得專利多個，在系統軟件、軟件工程、互動媒體、信息系統、密碼學與信息安全等研究領域頗有建樹，并在國內外具有相當的學術影響力。
計算機軟件與理論專業和軟件工程專業學位均包括密碼與信息安全、網絡與多媒體、系統軟件、電子商務與電子政務、軟件工程5個專業方向。
學院現設有并行處理研究所、軟件工程實驗室、電子商務研究中心、交互式圖形學實驗室、密碼與信息安全實驗室、公共績效與信息化研究中心、數據分析與安全實驗室、系統軟件與安全實驗室和金融IT人才標準研究中心等研究機構。
軟件工程實驗室由趙文耘教授領銜，是教育部軟件科學與技術網上合作研究中心的成員單位，主要從事軟件工程方法、理論、工具與開發環境等方面的研究和實踐工作，實驗室累計獲得國家級科研獎勵兩項，省部級科研獎勵十余項。目前主要關注于互聯網時代軟件開發、運行和維護的新方法和新技術。近年來，實驗室在ICSM、RE、ICSR、WWW、WCRE等國際會議以及IST、JSS、JCST等國內外期刊上發表了一系列研究論文，并獲ICSM 2011唯一的最佳論文獎。
電子商務研究中心是電子商務交易技術國家工程實驗室與中國電子商務可信交易服務中心的重要依托機構。研究聚焦于“人本電子商務模式與支撐技術”，率先提出并研制的創新成果包括新概念“人本電子商務”、云瀏覽器“CloudExplorer”、下一代電子商務模式“I2I”、數字靈魂“Cyber-A”、交互式隱私機制“InterSec”、 電子商務誠信模型、基于“互聯網信息對象”與“數字靈魂模型”的“人本搜索”，以及云私塾、彩云天使、可信云、私媒體等創新應用。在國際期刊和會議上發表了多篇科研論文，制定技術標準3項，取得發明專利3項、軟件著作權3項。 主持國家科技支撐計劃重點課題、國家自然科學基金、工信部電子發展基金以及國際合作項目等，參與國家863 RFID專項和農業物聯網項目。
交互式圖形學實驗室主要研究立體影像生成、投影顯示、人機交互和視覺感知的基礎理論和算法，形成自有核心技術和系統，主導/參與設計主題樂園、展覽展示、互聯網娛樂、演繹表演等垂直行業的數字媒體項目，涵蓋從主題創意、總體規劃、概念設計、結構設計、媒體制作和工程實施全過程。實驗室研制成功的媒體展示系統成功應用于2010年上海世博會世博會博物館、西藏館等多個展示項目。交互式仿真系統將應用于CRH2新一代高速列車仿真和型號飛機前輪轉彎仿真系統。在IEEE Trans. TVCG，JCAVW等國際一流期刊和IEEE ICIP、IEEE ICME等國際主流會議發表論文十余篇。獲得國家863項目，國家自然科學基金、微軟亞洲研究院和行業知名企業經費支持，該實驗室畢業的一個研究生先后收到了麻省理工學院(MIT)、斯坦福大學(Stanford)、卡耐基－梅隆大學(CMU)等三所全球計算機領域頂級高校攻讀博士學位的錄取通知書。
并行處理研究所主要從事系統軟件、體系結構和編譯優化等方向的研究。近年來，已連續在SOSP、ISCA、Micro、DAC、PACT和PPoPP等國際頂級或重要會議發表論文30余篇，整體研究處于亞洲領先水平。所培養的博士研究生已有3人獲計算機學會優秀博士論文，1人獲得上海市優秀博士論文和全國優秀博士論文。承擔了核高基、科技支撐計劃、863和自然科學基金等一批研究課題。
密碼與信息安全研究室主要從事密碼學、網絡安全協議、分布式系統安全方面研究。主持和參與了國家標準局互聯網安全技術國家標準《數字簽名機制標準》和國家密碼管理局《射頻識別系統密碼應用技術要求》；在零知識相關的密碼協議理論與應用，物聯網安全以及基于策略的管理方面取得了國際廣泛關注的科研進展。在包括歐洲密碼會等國際頂級會議和權威期刊上發表論文多篇。在國際上首次提出、定義和實現了針對密鑰交換的基于標簽的強并發不可鍛造安全性新框架和新理論；發明設計出具有完全自主知識產權的用于網絡和信息安全的核心密碼協議，在效率、安全性、隱私保護方面優于相關美國和國際當前工業標準。提出了量化風險自適應的安全框架，并應用在工作流管理安全和數字身份管理中，為網絡化系統的管理提供從語言、機制到中間件的支持。承擔了多項國家自然科學基金、973、863、國家密碼發展基金、上海市科委重點項目的研究工作。
數據分析與安全實驗室于2011年籌備創立，該實驗室承擔了包括國家核高基、教育部、上海市科委、上海市經信委以及企業合作等多個項目，累計研究經費達2000萬元，擁有13項專利，部分成果已進入產業化進程。目前該實驗室主要圍繞移動互聯網數據分析與安全技術開展研究，著重于大數據并行處理與分析、安卓系統安全機制增強和安卓應用軟件安全性測評等多個技術領域開展研究工作。
系統軟件與安全實驗室主要研究系統軟件與系統安全。近年來圍繞移動智能操作系統安全技術(主要面向安卓系統)開展了大量的研究工作，目前主持承擔了國家973重大基礎研究計劃(青年專項)“移動應用惡意行為檢測控制的基礎理論與關鍵技術”，是國內系統安全領域第一個得到973計劃支持的項目。已發表高水平學術論文多篇，獲得專利數十項。
公共績效與信息化研究中心專注于公共績效領域的理論研究、項目實踐和信息化建設，致力于政府績效管理、機關工作績效管理、人員績效管理和專項績效管理等方面的研究和實踐，先后承擔中紀委監察部、教育部、科技部、國家公務員局、北京市科委等多個省部級及地方政府課題研究項目。協助大量地方政府及機關部門建立了科學、創新績效管理體系。
金融IT人才標準研究中心成立于2014年，主要從事金融IT人才培養模式、方式、內容、評價標準等方面的研究。中心充分發揮企業、行業、高校及研究機構等資源優勢，全方位、多渠道地開展金融IT人才標準的研究交流，提供人才戰略服務工作，致力于推動金融與IT復合型中高端人才的培養與成長，進而推動整個金融產業的發展。