甘肅農業大學水利水電工程學院前身是創建于1974的農村水利電力專業，1999年更名為水利水電工程系，2003年與機電工程系合并組建工學院，2017年成立水利水電工程學院。學院現有在讀全日制本科生、研究生1232人。        
學院現設水利水電工程、農業水利工程、水文與水資源工程、土木工程、測繪工程5個本科招生專業，其中水利水電工程專業和農業水利工程專業為第一批次錄取本科專業。現有農業工程一級學科博士點1個，北方旱區作物生產裝備工程二級交叉學科博士點1個；農業工程、水利工程省級重點學科2個；水利工程一級學科碩士點1個；農業水土工程、北方旱區作物生產裝備工程二級學科碩士點2個；農業工程領域工程碩士點1個，農業機械化領域水利方向農業碩士點1個。   

學院擁有農業工程省級實驗教學示范中心、甘肅省節水農業工程技術研究中心，并在校內外建有多個實踐教學與研究基地、教學實習基地和產學研結合基地。與國內外科研院所、高等院校有廣泛聯系與合作，參與《1+2+1中美人才培養計劃》項目。2010年6月，在甘肅農業大學探索本科生“3+1”培養模式的基礎上，設有“3+1”人才培養模式的“大禹班”，設立了甘肅大禹節水集團股份有限公司研究生實踐基地。    
學院近年來先后主持和參與國家重點研發計劃項目課題、農業部行業專項、國家自然科學基金、甘肅省科技重大專項等科研項目50余項；獲省級教學成果獎5項、省部級科研成果獎13項，其中省部級科技進步二等獎2項，三等獎10項；獲國家發明專利6項、實用新型專利50余項；在國內外學術期刊發表論文500余篇，其中SCI、EI、ISTP收錄30余篇，出版教材17部；學術專著8部，校級精品課程4門。
學院現有教職工59人，其中教授8人，博士生導師1人，副教授13人，碩士生導師8人。享受國務院政府特殊津貼1人，入選國家百千萬工程國家級人選1人，甘肅省領軍人才第一層次人選1人，甘肅省 “555”創新人才工程第二層次人選2人，甘肅省“飛天學者”特聘教授1人，教育部高等學校農業工程類專業教學指導委員會委員1人，甘肅省高等學校青年教師成才獎獲得者1人；教師結構合理，多名教師先后到國外及國內一流大學研修、訪學和學術交流。