水產學科目前形成了六個具有特色和優勢的研究方向。（1）水產養殖學：主要開展海西特色和優勢水產種類的良種選育、種苗培育和健康養殖技術等方面的研究，在壇紫菜、大黃魚、鰻鱺和鮑等水產品種的高效健康養殖和種苗繁育等方面的研究處于國內先進水平。（2）水產生物遺傳與育種學：主要開展海西重要水產養殖動植物的遺傳改良和性別控制技術及相關的遺傳學基礎研究，在海水魚蝦貝藻特別是大黃魚、黃姑魚、壇紫菜的遺傳改良技術和成果居國內領先水平。（3）水產基礎生物學：主要開展水產經濟動植物的功能基因組學、蛋白質組學和水產生物技術等方面的基礎研究，在擬穴青蟹、大黃魚和雜色鮑等水產動物的發育、變態、生殖調控和抗逆等的分子機制研究，取得了一系列重要的科研成果。（4）水產生物醫學：主要開展海西水產養殖品種的病害基礎理論研究和防治技術開發，在水產動物體液免疫、細胞免疫和分子免疫等領域研究成果顯著。（5）水產動物營養與飼料學：主要開展水產動物營養生理學研究和高效水產飼料的開發，在大黃魚、石斑魚、花鱸和對蝦營養研究以及高效環保配合飼料研發方面具有特色。（6）漁業資源學：主要開展漁業資源調查與評估、海洋環境監測與評價以及種群分子生態學研究，在漁業主要利用對象的生物學特性及其與生態環境因子的相互依存關系，生物多樣性保護以及漁業資源的可持續利用等方面取得了豐碩成果。
一、培養目標與要求
培養適應新世紀我國社會主義現代化建設需要的，德、智、體全面發展的，具有創新精神和實踐能力的教學、科研和技術推廣的水產養殖和漁業生產的高級專門人才， 具體要求如下：
1、掌握馬列主義的基本原理，堅持黨的基本路線，熱愛祖國，遵紀守法，具有良好的道德修養，具有正確的人生觀和價值觀；作風正派，具有嚴謹的治學態度和為科學獻身的精神，積極為社會主義現代化建設服務。
2、在水產方面掌握堅實的基礎理論、系統的專門知識和必要的實踐技能，熟悉所從事研究領域的發展動態；能較熟練地掌握和運用一門外國語, 能熟練地閱讀本專業的中外文書刊，具有一定的中英文寫作能力和進行國際、國內學術交流的能力；具有較強的思維能力、創新能力；具有較強的計算機應用能力；具有從事本學科領域內的科學研究和獨立擔負專門技術工作或教學工作的能力。
3、具有良好的心理素質，身體健康。
二、培養主要內容
（一）培養方式
1、指導方式：采取導師負責與導師組集體培養相結合的方式，要充分發揮導師的指導作用和研究生個人的特長與才能，注重研究生自己獲取知識能力的培養。
2、培養計劃的制定：研究生入學后一個月內，導師應根據培養方案和課程設置的要求，結合研究方向的需要，與導師組的教師共同研究制定碩士研究生的個人培養計劃。培養計劃一式四份，三份分別由研究生處、學院和指導教師存檔，一份研究生自留。
（二）課程設置與要求
為使碩士研究生具有水產養殖學專業堅實的基礎理論、系統的專業知識和較熟練的實驗操作技能，必須學好學位課程，并根據研究方向需要和研究生基礎條件選讀幾門選修課程。課程學習方式，可采取課堂講授、專題報告和討論，或導師指導下的自學，閱讀指定的書刊等方式，培養研究生獨立獲取知識，獨立思考、分析和解決問題的能力。無論何種方式，研究生都必須通過考試（或考查），平時成績應占30％以上，成績合格者（學位課程成績 70分以上，選修課程60分以上），方可獲得學分。
本專業碩士研究生的學習年限一般為三年，第一學年主要進行課程學習，后兩個學年主要進行學位課題研究、實踐和學位論文撰寫。但整個學習年限不得超過五年。研究生應在規定的學習期限內完成培養計劃要求的課程學習、專業教學實踐和學位論文工作。個別因培養條件或特殊情況，不能完成培養計劃要求者，必須按規定提出延長時間的書面報告，經學院審核，報學校主管部門批準后，可適當延長學習時間三至六個月。對少數學業優秀、研究工作突出的碩士研究生，在完成培養計劃要求的前提下，可適當縮短學習年限。
本專業實行學分制，其中公共必修課6學分，專業課不低于8學分，學術活動1學分，實踐環節1學分，總學分要求不低于24學分。具體實施辦法按《集美大學研究生教學管理規定》執行。（三）其他培養環節
1、實踐活動
本專業實踐活動包括教學、科研和社會實踐。依專業方向必要時可安排一定生產實踐。教學實踐從第二學年開始，包括專業課部分的課堂講授、實驗課指導、批改作業、輔導答疑、協助指導本科生論文等任務。實踐教育環節合格記1學分。已有一年以上大學教學實踐或二年以上工作經歷的研究生可免修，仍計1學分。
  2、學術活動
學術活動包括Ⅰ類：在國內外專業學術會議上作學術報告，或在國際專業學術會議上展示墻報，全文或摘要被會議論文集收錄。Ⅱ類：在校（院）級及以上學術報告會上作學術報告。III 類：參加專家學術講座、國內外專業學術會議；參加以學校、學院或科研團隊為單位組織的研究生學術研討活動。學術活動以次作為計數單位，不得重復計數。學術學位碩士生在學期間至少參加Ⅱ類及以上學術活動1次，Ⅲ類學術活動10次。完成并合格，記1學分。
學術活動的規定參見《集美大學關于研究生參加學術活動的規定》。
3、開題報告
碩士研究生在進入論文工作之前，必須經過認真的調查研究，查閱一定量的文獻資料（文獻閱讀篇數由導師規定），了解本人主攻研究方向的歷史和前沿進展。在此基礎上，確定自己的學位論文研究題目，并經導師審核同意。碩士生一般應在第三學期內完成論文的選題工作，提交學位論文計劃，并向所在學院的指導小組作開題報告，經討論認為選題合適及計劃切實可行者，方能正式開展論文工作。
4、中期考核
在第三學期進行，由院黨政負責人、導師組成員和研究生秘書組成考核小組，考核研究生入學以來的政治思想、課程學習、論文選題及進展情況，合格者進入論文研究階段。考核工作按照《集美大學碩士研究生中期考核暫行規定》執行。
（四）論文工作
  1、學位論文
從事科研工作并撰寫研究論文，是保障研究生培養質量的重要環節。碩士論文的選題應具有一定的理論創新和應用前景。碩士生一般在第三學期內完成論文的選題工作，最遲于第四學期的第一個月提交學位論文計劃，并填寫《學位論文開題報告申請表》，向所在研究生培養小組作開題報告。
研究工作實施期間，研究生要按照開題報告的設計，在導師指導下科學嚴謹地進行每個內容的實驗。論文研究工作完成后，導師應對研究生撰寫的學位論文仔細審閱，認真修改，經導師和指導小組認定合格后，按有關規定申請論文答辯。碩士學位論文一般不少于 3萬字。
 2、中期報告
   碩士學位論文中期報告要求在入學第五學期中期前完成。研究生填寫《碩士研究生學位論文中期報告登記表》，并作中期報告。所在研究生培養小組成立中期報告檢查小組，根據碩士研究生論文中期進展情況進行考核評定。
3、發表論文要求
研究生應在導師指導下，積極參與導師的科研活動，畢業之前學術型碩士申請人應在核心期刊或本科高校學報發表或錄用1篇及以上學術論文,或被國內外論文檢索源（包括SCI，EI，ISTP，SSCI，A&HCI，ISSHP、CSSCI、CSCD等）檢索。申請人的學術論文第一署名單位應為集美大學，申請人為第一作者或其導師為第一作者申請人為第二作者(每篇論文只能使用一次)。核心期刊目錄以論文被接收時北京大學圖書館公布的最新《中國核心期刊要目總覽》為準。
（五）畢業與學位授予要求
碩士學位論文答辯前，學位論文一般應在答辯前1個月完成，每篇碩士學位論文送3位校外本學科領域具有高級職稱的同行專家評閱。學位論文答辯委員會由3至5位具有高級專業技術職務或具有碩士研究生導師資格的專家組成，其中碩士研究生導師占半數以上，且至少有1名為校外專家。答辯委員會設主席1人，主席由具有碩士研究生導師資格的專家擔任。導師可以列席答辯會，但不擔任主席或委員。論文答辯委員會根據答辯的情況，就是否授予碩士學位作出決議。決議采取不記名投票方式，按百分制打分，并就是否通過論文答辯和建議授予學位進行表決，經全體委員三分之二以上同意，方能通過。決議經論文答辯委員會主席簽字后，報送學位評定委員會，經校學位評定委員會作出授予學位的決定后，可獲得碩士學位。碩士學位論文答辯不合格的，經論文答辯委員會同意，可在一年內修改論文，重新答辯一次。
學位論文答辯工作參見《集美大學碩士學位和博士學位授予實施細則》。