四川大學是全國首批建立生物工程專業的高等院校之一，該專業可以追溯到1985年創建的生物化工專業，于1986年開始招生，1990年開始培養研究生。1998年教育部進行專業調整，以生物化工專業為基礎發展成現在的生物工程專業。本專業長期以來秉承化工學科創始人張洪沅先生“立足基礎、面向工業、服務社會”的辦學理念，已逐步形成了“理工融合、創新驅動、實踐導向”的辦學特色。
生物工程專業長期以來堅持“以學生為中心”的人才培養核心理念，貫徹執行四川大學“以人為本、崇尚學術、追求卓越”的現代大學辦學理念和“精英教育、質量為本、科教結合、學科交叉”的人才培養指導思想，實施“分類指導、個性培養、注重創新、面向世界”的人才培養原則。數十年來，生物工程專業全體教師根據社會人才需求和專業發展狀況，不斷探索創新，優化培養方案，堅持工程特色，重視實踐教學，發揮多學科交叉的優勢，把培養應用型工程技術人才作為培養目標。本專業培養的畢業生具有扎實的基礎知識和過硬的專業素質，在工作中表現出了較強的創新精神和解決復雜工程問題的能力。每年畢業生供不應求，畢業生入職用人單位后普遍受到好評。校友中涌現出大量的企業負責人和技術骨干。
四川大學生物工程學科屬于學校“雙一流”重點建設學科中的重要組成部分。生物工程學科從我國和四川省生物工程學科的實際出發，結合我校的優勢，圍繞生物制造核心技術體系，依托化學工程與技術國家一級學科以及國家生物科學與技術人才基地、國家工科基礎課程化學教學基地、制藥工程與技術四川省重點實驗室，注重各學科的交叉融合，逐漸形成了工業和環境微生物技術、生物資源和能源、生物分離材料與方法、生物礦化、生物制藥、天然產物化學和生物醫用材料等特色鮮明的研究方向。
歷經30余年，生物工程專業在學校和學院的大力支持下有了長足的發展，已建設成同時具有生物工程學士、生物化工碩士和博士學位授予權、博士后流動站以及工程博士、工程碩士授予權，已經逐步發展成為我國和四川省生物工程領域的重要科學研究和人才培養基地。
培養目標：培養適應現代生物工程技術發展和經濟及社會發展需要的人才。學生應掌握生物工程及其產業化的科學原理、工藝技術、工藝和工程設計等基礎理論和技能，并具有良好的人文社會科學素養、創新意識及國際化視野，能在生物技術與工程及相關領域從事技術與產品研發、生產與技術管理、質量管理與控制、工藝與工程設計、經營管理等工作，成為所從事領域的專業技術和管理工作的中高級骨干。
主干課程：計算機基礎、物理化學、化工原理、生物化學、微生物學、基因工程、發酵工程、細胞工程、蛋白質工程、生物反應工程、生物分離工程、生物工藝學、生物工程設備、生物工程設計等。